Marion Eckstein wurde in Bernkastel-Kues geboren und wuchs auf einem Weingut an der Mosel auf.

In Stuttgart absolvierte sie das Studium der Germanistik und Schulmusik, bevor sie sich ganz dem Gesang zuwandte. Ihr Gesangsstudium in den Gesangsklassen von Professor Julia Hamari und Professor Dunja Vejzovic schloß sie mit Auszeichnung ab und erhielt ein Stipendium des Internationalen Richard-Wagner-Verbandes.

Als Konzertsängerin machte sich die Altistin rasch einen Namen auf den großen europäischen Musikpodien und Festspielen in Berlin, Hamburg, Wien, Amsterdam, München, Stuttgart und Zürich. Renommierte Dirigenten wie Christian Arming, Ivor Bolton, Rafael Frühbeck de Burgos, Enoch zu Guttenberg, Florian Helgath, René Jacobs, Konrad Junghänel, Gustav Kuhn, Helmuth Rilling, Jukka-Pekka Saraste, Christoph Spering und Yutaka Sado versicherterten sich ihrer Ausdruckstiefe und stilistischen Vielseitigkeit. Diese reicht von frühbarocker Literatur über die großen Oratorien J. S. Bachs und G. Händels bis hin zum romantischen Repertoire.  So feierte sie große Erfolge in Brahms` Alt-Rhapsodie in der Münchner Philharmonie, mit den Kindertotenliedern von Gustav Mahler im Berliner Konzerthaus, mit Beethovens 9. Sinfonie in Japan und China und mit Verdis Requiem. Auch seltener gespielte Werke wie Elgars „Dream of Gerontius“ gehören zu ihrem Repertoire. Darüber hinaus wirkt sie regelmäßig bei Uraufführungen zeitgenössischer Musik mit. Partner sind dabei beispielsweise das European Chamber Orchestra, das Freiburger Barockorchester, Concerto Köln, die Orchester des Gewandhauses und der Züricher Tonhalle, sowie die Rundfunkorchester des WDR und SR. 

 Eine langjährige intensive Zusammenarbeit verbindet Marion Eckstein mit dem Dirigenten Thomas Hengelbrock. Unter dessen Leitung sang sie beispielsweise in Bachs h-moll-Messe beim Bachfest Leipzig, in der Zürcher Tonhalle in Mendelssohns "Walpurgisnacht“ und den Altpart im Elias im Gewandhaus Leipzig. Eine szenische Realisation von Purcells "Dido and Aeneas“  unter seiner Leitung führte Marion Eckstein zu den Salzburger Festspielen, dem Rheingau Musikfestival und nach Hamburg.

Zunehmend erscheint Marion Eckstein auch auf der Opernbühne. Ebenfalls unter Thomas Hengelbrocks Leitung sang sie im Teatro Real Madrid die Stimme von oben und ein Blumenmädchen in der vielbeachteten historisch informierten Aufführung von Wagners Parsifal; in Aachen trat sie in der vergangenen Spielzeit in G. Puccinis „Suor Angelica“ auf und im Sommer bei den Tiroler Festspielen Erl in Wagners Ring.

In der Saison 2018/19 verkörpert sie die Bradamante in Händels Alcina unter der Leitung von Konrad Junghänel am Staatstheater Wiesbaden sowie Storgè in Händels Jephtha bei der Trigonale 2019.

Ecksteins vielseitiges Repertoire dokumentieren neben zahlreichen Rundfunkaufnahmen auch ihre CD-Einspielungen. Darunter seien Telemanns „Messias“, Händels „Messias“, Mozarts „Requiem“, Weihnachtskantaten von Charpentier erwähnt; die CD "Lotti-Zelenka-Bach" des Labels harmonia mundi wurde mit dem begehrten Gramophone Award in der Kategorie “Baroque-vocal” ausgezeichnet. Weiterhin hervorzuheben ist im romantischen Repertoire die Aufnahme mit dem Linos-Ensemble von Gustav Mahlers "Kindertotenliedern" für das Label Capriccio.  

Zuletzt sang Marion Eckstein während einer China-Tournee mit dem WDR-Sinfonieorchester Beethovens 9. Sinfonie unter Jukka-Pekka Saraste, Mozarts Requiem während einer Europa-Tournee unter der Leitung von Thomas Hengelbrock, sowie bei der vielbeachteten Produktion „Art Songs“ mit dem Alonzo King Lines Ballet im Festspielhaus Baden-Baden.

Zu den zukünftigen Engagements zählen eine Tournee mit dem Ensemble Neobarock, César Francks "Les Beatitude" in der Elbphilharmonie und Michael Tippetts "Child of our time" mit dem Beethoven Orchester Bonn unter der Leitung von Michail Jurowski.

Seit dem Wintersemester 2019/20 ist Marion Eckstein Professorin für Gesang an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart.